La historia sigue inmediatamente después de los eventos de Grisaia no Meikyuu, con Kazami Yuuji detenido por ser sospechoso de involucramiento con una organización terrorista internacional, que ha conseguido entrar a las fronteras de Japón con una devastadora arma de destrucción masiva. Mientras tanto, en la Academia Mihama, a las estudiantes se les agota el tiempo ya que debido a problemas económicos la escuela cerrará dentro de un mes.
Las chicas habían encontrado por fin su camino gracias a la ayuda de Yuuji, así que ¿se quedarán de brazos cruzados y esperar que el mundo cambie a su alrededor? ¿Y dejarán ir al hombre que cambió sus vidas sin intentar salvarlo? A medida que su fin en la Academia Mihama se acerca, Amane, Makina, Sachi, Yumiko, y Michiru llegan a una sola conclusión.
| Capitulo 01 |   |
| Capitulo 02 | |
| Capitulo 03 | |
| Capitulo 04 | |
| Capitulo 05 | |
| Capitulo 06 | |
| Capitulo 07 | |
| Capitulo 08 | |
| Capitulo 09 | |
| Final - Capitulo 10 - Final | |
| Nuevo- Especial 01 -Nuevo | |
| Grisaia no Meikyuu Especial 01 | |
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Precuela: Grisaia no Meikyuu
Próximo Capitulo: Anime Finalizado
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